Ninja là những cá nhân hay tổ chức từng tồn tại trong lịch sử Nhật Bản từ thời kỳ Kamakura đến thời kỳ Tokugawa. có âm Hán-Việt là nhẫn, nghĩa là "chịu đựng", "nhẫn nhịn", trong tiếng Nhật nó lại có nghĩa là "ẩn nấp". Còn 者 có âm Hán-Việt là giả, nghĩa là "người", trong tiếng Nhật có nghĩa là "người" hoặc "tổ chức". Ninja là những lính đặc công có chức năng thám báo và ám sát các lãnh chúa phong kiến. Ninja không phải là các samurai, nhưng trong cuộc đụng độ kéo dài hàng trăm năm của giới quân sự Nhật Bản họ cũng đã đóng vai trò quan trọng.
Tên gọi thực sự của những cá nhân và tổ chức trên là ninjutsu tsukai. Nhưng sau Thế chiến thứ hai, do ảnh hưởng của một số tác phẩm văn học, shinobi no mono và ninja trở thành cách gọi mới và vì cách gọi ninja ngắn gọn, dễ nói hơn, nên trở nên phổ biến hơn cả ở Nhật Bản lẫn trên thế giới.
Trong các tiểu thuyết, phim ảnh, ninja thường được mô tả là những người mặc đồ đen từ đầu đến chân, lưng mang kiếm, lợi dụng đêm tối để đột nhập vào căn cứ địch mà do thám hoặc tiến hành ám sát. Tuy nhiên, trang phục thực sự của các ninja là màu nâu sẫm. Có giả thuyết cho rằng những trang phục này có nguồn gốc từ trang phục đi săn của người dân vùng Nam tỉnh Shiga và Đông tỉnh Mie hiện nay.
Ninja còn được hiểu là những người sử dụng phép lẩn trốn ( ninjutsu). Thực tế là các ninja chú trọng việc ngụy trang và lẩn trốn chứ không hiếu chiến.
Ninja bao gồm cả nam giới lẫn nữ giới. Ninja nữ còn được gọi là kunoichi .
Ninja thường sử dụng phi tiêu và kiếm để thực hiện sứ mệnh vì các vũ khí đó dễ mang theo, không nặng nề dễ di chuyển và hoạt động. Đặc biệt ninja rất quả quyết và dũng cảm, họ luôn bàn tính kĩ trước khi hành động, khi nhiệm vụ thất bại, thì mỗi ninja phải tự kết liễu mạng sống của mình để tránh làm lộ bí mật của tổ chức.
Ninja nổi tiếng :Fuma Kotaro, Hattori Hanzō, Ishikawa Goemon, Sarutobi Sasuke
